Su importancia histórica se remonta a comienzos del siglo XVI cuando fue fundado por los españoles en la época de la evangelización pacífica del Continente Americano.
Sus ruinas están ubicadas al sur del centro histórico de Cumaná frente a la plaza Rivero.
La primera vez que fue derrumbado por los indígenas exacerbados por los maltratos de los conquistadores.
En 1638 se autorizó la refundación del convento y se construyeron tres estructuras, La iglesia, el claustro y luego se adosó la capilla de los terciarios.
A finales del siglo XVIII se edificó una nueva iglesia sobre la ya existente y se demolió la capilla de los terciarios afectadas por los temblores de 1.797 y 1.802
En 1.812 el ayuntamiento y la Asamblea Legislativa de Cumaná aprobaron la creación de la Universidad y establecieron clases en el convento. Sin embargo esta fue abandonada en 1.819 por no contar con suficientes religiosos.
En 1.835 el convento de san Francisco se convirtió en Colegio Nacional de Cumaná, siendo el primer instituto de educación secundaria de la región.
En 1853 un terremoto dejó inservible la edificación, y en 1881 se expidió un decreto que autorizaba la venta de las propiedades de los Colegios Federales
edificación del Convento de San Francisco fueron destinados, a principio del siglo XX, a alojar una fábrica de jabón. Se construyeron nuevas dependencias y se mantuvieron restos de una de las fachadas del convento.
En 1945 la construcción de la carretera que comunica Cumaná con el valle de Cumanacoa afectó el terreno del convento, modificó la relación natural de la construcción con el río Manzanares.
Hoy solo se mantienen algunos vestigios de lo que fue, en la memoria de los historiadores.
